Die Bayer (Schweiz) AG mit Sitz in Zürich ist verteilt auf vier verschiedene Standorte in Zollikofen, Muttenz, Witterswil und Zürich.

In Zollikofen liegt die Vertriebsorganisation und in Muttenz die Produktion von Wirkstoffen der Bayer CropScience.

Zeptosens, welche seit 2005 eine Einheit von Bayer ist, befindet sich in Witterswil.

Marketing und Vertrieb der Bayer Health Care (Bayer Schering Pharma, Consumer Care und Diabetes Care) befinden sich in Zürich.